Почему при форматировании винта при загрузке с загрузочной дискеты на винте видны сбойные сектора, а при формате из под виндов их нет? (вообще они есть или нет? Если есть, то можно их каким-нибудь софтом востановить?)

В принципе возможно. Вопрос времени. И нервов.
Только вот кто поручится, что ББ снова не выползут?

Если ББ логический, то он опосля формата должен ,"уйти нафиг и не мешать". Если физический - то хоть заформатируйся - ничего не выйдет.