WinXP в какой-то момент времени потеряла мышь и перестала реагировать на клавиатуру.
Пришлось нажать ресет.
После перезагрузки BIOS потеряла два винта SATA, видит только привод CD.
На другой машине они прекрасно с ходу определились, ничего не потерялось, винты - целы, ни одного бэд-блока.
Ubuntu Linux нормально загрузилась с LiveCD, без ошибок, черных экранов и т.п.
Винты она не увидела.

Вопрос знатокам - это аппаратная проблема материнской платы на 1 машине или все не так страшно? Возможно ли сбросить винты в БИОСе программно (вирусней)?
Может ли проблема быть в дохнущей батарейке БИОС (хотя системное время вроде бы сохранилось), компьютеру пошел уже 6-й год?

Абсолютно достоверного ответа вы тут не получите. Это как советовать табетки от температуры... Лучше пригласите кого-нибудь понимающего.

Может ли проблема быть в дохнущей батарейке БИОС?

Во всяком случае проверить это предположение легко и дешево. Проверьте.
Как-то сталкивался с совершенно чудесатыми проблемами с винчестером (я думал, он осыпался наполовину или еще как) - оказалось дело в батарейке.

После перезагрузки BIOS потеряла два винта SATA, видит только привод CD.

Материнка не описана - легко может быть дохнущий южный мост чипсета (SATA-контроллер, на s478 такое часто).
А привод CD сидит на IDE?

Материнка не описана - легко может быть дохнущий южный мост чипсета (SATA-контроллер, на s478 такое часто).
-------------------------
ASUS P4P800VM, сокет 478, привод CD сидит на IDE

Cкорее всего бивис сбросился, а по умолчанию сата в нем вырублено. Т.е. просто полазить по бивису и включить сата. Батарейку тоже можно поменять. cr2032 стоит 12р - гнусмас плеомакс, 70р - дюрацел. в любом днсе.