Меня мучает вопрос. Почему авиабилеты из/в Новосибирск самые дорогие?

S7
НСК-МСК-НСК = 11567 рублей, бонус: 867 миль
Владивосток-МСК-Владивоток (через НСК) = 11414 рублей, бонус: 2028 миль

Аэрофлот
НСК-МСК-НСК = 11341 рублей.
Владивосток-МСК-Владивоток (через НСК) = 6641 рублей

Получается, что выгоднее взять билеты из Владивостока, пройти онлайн-регистрацию и просто сесть на рейс здесь?

потому, что перелеты на дальний восток дотируются государством.
сесть тут не получится.
стоимость перелетов обсуждается специальном прикрепленном топике.