Подскажите как дешевле всего добраться до Алтая: на поезде, а потом на автобус пересесть, или на автобусе или через турагентство какое-нить? Пункт назначения - Усть Сима. Пока что есть вариант за 1000 рублей через турагентство, может кто знает как дешевле? Нас где-то 8-12 человек будет.

дешевле думаю так:
на поезде в сидячем вагоне
рублей думаю двести стоит билет
жальше от бийска на автобусе

а Вы откуда выезжать собираетесь то?
из Нска? иль Из города N?

Боже упаси на поезде.
Дешевле, выгднее, удобнее и т.д. добраться до усть семы на автобусе. Если туда/обратно то через турфирму (1000 р). Если в одну сторону то либо с автовокзала автобусом Новосибирск-Чемал (ходит ежедневоно, либо через турфирму (чуть дороже получится в одну если сторону).
На поезде рублей 300 билет+заставят комплект белья купить рублей за 50 +атобус рублей 400.
На поезде можно ехать тогда, когда в дороге есть желание комфортно набухаться. Я однажды по неопытности поехал с алтая автобусом+поездом. Мне всучили билет на боковую полку (размер её 180 см, а рост у меня 186. Это был какой то ужас. А вот компания в плацкарте напротив довольно комфортно всю ночь употребляла и веселилась.

Ну Вы чтото преувеличиваете.
Поезд Н-ск - Бийск сидячий около 180, плацкарт 220-250, постель брать не обязательно (если есть такое желание). Дальше про автобус точно не скажу, но если на легковой до Горного 150, то думаю на автобусе до Семы должно 200-250 получиться.
Т.е. вроде примерно одинаково что поезд из Н-ска, что автобус. Поэтому другое наверно нужно рассматривать - автобус выезжаете утром, на месте вечером, поезд выезд вечером, на месте до обеда.

Автобус Новосибирск-Чемал выезжает в 21-45 местного ( http://transport.ngs.ru/auto.php ). Стоит 560 р.
Если постель не брать, то и матрас брать запрещают. Ну это уже детали....

До Усть Семы Кстати стоимость чуть больше 170 р. от Бийска автобус